Los microorganismos patógenos son aquellos capaces de provocar enfermedades en personas sanas y no inmunes (es decir, aquellas que aún no están protegidas).

Una bacteria se considera patógena cuando tiene la capacidad de penetrar los tejidos del cuerpo humano y multiplicarse, provocando daños también con la producción de sustancias tóxicas (toxinas bacterianas).

La adhesión a las mucosas, la colonización (es decir, el crecimiento abundante) y la formación de biofilms son algunos de los mecanismos con los que un patógeno puede invadir los tejidos del cuerpo humano.