Es más fina en el intestino delgado, donde la absorción de nutrientes es mayor, y más densa en el estómago y en el colon, donde desempeña una mayor función protectora.
Se estructura en dos capas; una externa, menos densa, donde se encuentra la flora bacteriana normal (microbiota), y una interna, densa y muy adherida a las células epiteliales.
En la diarrea, la capa de mucosidad resulta desorganizada y su capacidad de protección se ve reducida.