El insomnio debido a otra enfermedad es mucho menos frecuente con respecto al conductual (aproximadamente el 20% de los casos) y generalmente se resuelve si se trata la enfermedad de manera adecuada.

Algunas de las causas más graves de insomnio debido a otro problema son: la apnea del sueño por obstrucción parcial de las vías aéreas superiores (p. ej., debido a las amígdalas grandes), el dolor (agudo o crónico), las enfermedades crónicas, etc.