No se conocen las causas específicas que desencadenan la aparición de las aftas.

Sin embargo, se ha observado que suelen aparecer posteriormente a una bajada de las defensas del sistema inmunitario (estrés, gripe, fiebre), a una intolerancia alimenticia o debido a algunos fármacos (quimioterapia o radioterapia).

También pueden ser causadas por pequeñas heridas, debidas a dientes afilados, prótesis dentales o aparatos de ortodoncia.

Un factor de riesgo importante también es el tabaquismo.