El esófago se defiende de la acidez que sube desde el estómago mediante la acción del flujo de la saliva, que tiene un efecto de lavado y reduce la acidez gracias a su contenido de bicarbonato.

El flujo de saliva aumenta coincidiendo con el reflujo.

Existe también una barrera física de defensa formada por la pared superior de las células y por las uniones “estrechas” entre una célula y otra.

Asimismo, después de un reflujo el esófago se contrae rápidamente, empujando de nuevo el material ácido al estómago.