Es un sistema complejo que posibilita la comunicación continua entre el intestino y el cerebro.

Este diálogo, modulado también por la microbiota, garantiza el equilibrio del sistema gastrointestinal.

El eje intestino-cerebro se encarga de controlar las funciones del intestino, como por ejemplo la activación de las defensas inmunitarias, la permeabilidad a las sustancias, las señales entre el intestino y algunos órganos productores de hormonas.

Además, coordina las actividades de algunos centros del cerebro encargados de las emociones y de los procesos cognitivos.

Se cree que este eje sea el responsable de la reacción del organismo al estrés.