La microbiota faríngea o flora bacteriana «residente» consiste en una gran «comunidad» de distintas especies de bacterias, que vive en contacto e interactúa con la mucosa de la faringe y con el sistema inmunitario, y contribuye al bienestar de las vías respiratorias superiores e inferiores.

La alteración de la microbiota por el uso de antibióticos o fármacos desinfectantes de la cavidad oral (boca) puede favorecer el desarrollo de microorganismos patógenos y facilitar la formación de biofilms bacterianos.

Por este motivo, mantener la microbiota faríngea sana (limitando el uso de fármacos antisépticos) ayuda a prevenir la infección de las vías respiratorias por parte de bacterias patógenas.