La llamada «flora bacteriana vaginal» está compuesta por numerosas bacterias comensales (microorganismos buenos), como los Lactobacilos (bacterias del género Lactobacillus) que mantienen el pH ácido vaginal.

La flora bacteriana vaginal que se encuentra en el área alrededor de la uretra protege las vías urinarias contra la invasión de bacterias patógenas que llegan del intestino y que pueden causar infecciones.

La composición de la flora bacteriana cambia con la edad, con la actividad sexual y con el estado hormonal, como en el caso de la disminución de los estrógenos (hormonas femeninas) relacionada con la menopausia.

Los antibióticos (que eliminan indiscriminadamente todas las bacterias) y algunas enfermedades, como la diabetes, también alteran la flora bacteriana.

Una flora bacteriana vaginal alterada facilita las infecciones de las vías urinarias.