Un 80-85% de los casos de cistitis son causados por Escherichia coli; el 5-10%, por Staphylococcus saprophyticus; y un porcentaje aún menor, por Proteus mirabilis, Klebsiella pneumoniae, hongos, virus y parásitos.

Los grupos de Escherichia coli que causan la cistitis tienen fimbrias (estructuras como pelos cortos) que les permiten adherirse a la mucosa y entrar en las células del epitelio de la vejiga, y de esta manera resisten a la eliminación por el flujo de orina.

Algunas sustancias naturales complejas, como el extracto de arándano, pueden limitar la adhesión de las fimbrias de la Escherichia coli y, por lo tanto, ayudar a prevenir la cistitis.