La pielonefritis aguda es menos común que la cistitis aguda y se desarrolla cuando los microorganismos, a través de los uréteres, suben por la vejiga hasta los riñones.
También puede estar causada por bacterias que llegan a los riñones a través de la sangre (bacteriemia) o más raramente a través de la circulación linfática.
Los dos factores de riesgo más comunes para la pielonefritis son un obstáculo en el flujo de orina o el reflujo de orina desde la vejiga hacia los uréteres.